Layanan pembedahan RSUD dr. Wahidin Sudiro Husodo diselenggarakan di Instalasi Bedah Sentral (IBS). Sedangkan pelayanan khusus untuk pembedahan darurat diselenggarakan di kamar bedah IGD.

RSUD dr. Wahidin Sudiro Husodo memiliki 7 kamar operasi elektif dan 2 kamar bedah darurat.

Kamar bedah elektif menyelenggarakan pembedahan dari pembedahan kecil, sedang, besar, hingga pembedahan khusus (canggih) dari berbagai disiplin ilmu bedah yang meliputi bedah mata, bedah obgyn, bedah umum, bedah urologi, bedah orthopedi, bedah THT dan bedah syaraf.

Layanan unggulan dari Instalasi Bedah Sentral antara lain C Arm, Mesin Anesthesi dan ESU.